Costruita probabilmente in posizione più avanzata rispetto alla cinta leonina sul luogo di una originaria posterula in corrispondenza dei Giardini Vaticani, porta Pertusa rappresentava un accesso di servizio della Curia. Prima della sua costruzione l’accesso ai Giardini Vaticani era garantito soltanto dalla porta Viridiaria costruita da Leone IV (847–855) in prossimità della basilica vaticana.
L’accesso è caratterizzato dalla mole della Torre di San Giovanni delle mura di Niccolò V Parentucelli (1447–1455).
L’attuale porta, risalente alla costruzione della cinta cinquecentesca, su commissione di Clemente VII Medici (1523–1534) o, più verosimilmente di Pio IV Medici (1559–1565) in occasione del suo intervento di ampliamento della cinta, oggi si presenta murata.
Si tratta di un grande portale architravato con due piccoli passaggi laterali incorniciato da una doppia coppia di lesene in bugnato liscio. Al di sopra è ancora visibile lo stemma Medici. La porta costituiva l’accesso privilegiato per chi proveniva dalla via Aurelia e conduceva a via delle Fondamenta, dietro l’abside della basilica di San Pietro. Nel 1655 era già murata, ma venne aperta in occasione della visita in incognito a Roma della Regina Cristina Svezia. Nel 1832, all’epoca della stampa di Luigi Ricciardelli, la porta, erroneamente identificata con porta Fabbrica, presentava di nuovo i due accessi laterali murati.